Java ist da wohl recht beschränkt und von daher bleiben, wenn der der
Librarypfad nicht in /etc/ld.so.conf oder LD_LIBRARY_PATH zu finden
ist, nur zwei Möglichkeiten. Entweder Du lädst alle von der Lib
benötigten Libraries vor der abhängigen Lib, oder aber Du könntest
mittels einer kleinen shared Library die Variable LD_LIBRARY_PATH im
Prozeß um das Verzeichnis der neu zu ladenden Lib ergänzen. (
getenv() bzw. setenv() )