Nach dem Start bietet der USB-Agent an, sich in ein temporäres Verzeichnis zu kopieren und von dort erneut zu starten. Das ist nicht zwingend erforderlich, vermeidet aber mitunter Probleme beim Abmelden des Sticks. Anschließend taucht im Infobereich der Taskleiste ein kleines Symbol auf. Doch der USB-Agent nistet sich vorübergehend noch an anderer Stelle ein: im Senden-an-Menü, welches im Kontextmenü jeder Datei zu finden ist. Sobald Sie beispielsweise ein Word-Dokument an den Eintrag "USB-Agent-PortableApps.exe" schicken, fragt der USB-Agent beim ersten Mal nach, mit welcher Stick-Anwendung Sie die Datei öffnen wollen. Die Wahl merkt er sich in einer Textdatei namens "usbagent-pa.ini", die Sie anschließend im Wurzelverzeichnis des Sticks finden (mehr dazu in der Readme-Datei des USB-Agent). Haben Sie versehentlich eine falsche Wahl getroffen, können Sie die wie bei jeder Ini-Datei leicht mit einem beliebigen Texteditor korrigieren (das bordeigene Notepad reicht). Am Verhalten von Windows bei einem Doppelklick auf eine Datei ändert der USB-Agent übrigens nichts, er wird wirklich nur aktiv, wenn er per "Senden an" ausdrücklich dazu ermuntert wird.
Absichern
Momentan liegen die Dateien noch ungeschützt auf dem Stick. Um sicher arbeiten zu können, ist es unerlässlich, wichtige Dateien zu verschlüsseln. Ärgerlicherweise bietet Windows keine überall verfügbare Lösung: Die NTFS-Erweiterung EFS (Encrypted FileSystem) fehlt in den Home-Versionen von XP und Vista. Zudem wäre es an jedem PC, an dem Sie auf die verschlüsselten Dateien zugreifen wollen, erforderlich, den Schlüssel zu importieren, was allein schon aus Sicherheitsgründen nicht immer erwünscht ist.
Stattdessen greifen wir daher zum quelloffenen TrueCrypt 
. Es bindet mit einem eigenen Treiber sogenannte Container-Dateien als Laufwerke mit eigenen Laufwerksbuchstaben in das Betriebssystem ein. Die verhalten sich wie Festplatten oder andere physisch vorhandene Speichermedien: Drag & Drop funktioniert ebenso wie Copy & Paste. Ohne gestartetes TrueCrypt liegt jedoch nur eine große verschlüsselte Datei auf dem Stick. Die lässt sich zwar problemlos kopieren und sogar öffnen, doch ist darin nur noch Datenmüll zu finden, den allein TrueCrypt zusammen mit dem richtigen Passwort zu entschlüsseln weiß.
